Pondok Modern Babussalam didirikan Pada Tanggal 21 Syawal 1406 H/ Tanggal 29 Juni 1986 M oleh alumni Pondok Modern Darussalam Gontor Bapak Hadi Martoyo,BA. Beliau mulai merintis Pondok dengan keteguhan hati dan keyakinan yang mantap diiringi dengan keikhlasan dan ucapan basmallah.
Pada awal dibukanya para Santri Pondok Modern Babussalam hanya datang dari masyarakat sekitar dengan sarana yang masih sangat sederhana dan bersahaja. Tetapi sekarang telah menginjak usianya yang ke-24 , Pondok Modern Babussalam telah memiliki berbagai sarana yang cukup memadai untuk memenuhi kebutuhan kegiatan Pendidikan dan belajar mengajar. Seperti asrama,lokal kelas/sekolahan,masjid,ruang perpustakaan,ruang tamu,lapangan olah raga,sarana transportasi,dan lain-lain untuk memberi nilai kepada para santrinya diadakan kegiatan extrakulikuler,seperti Drum Band,Kursus Komputer,Kursus Bahasa Arab/Inggris,Kepramukaan,dan lain-lain.
Pada awal ini santrinya datang dari berbagai penjuru daerah di Indonesia. Adapun lembaga-lembaga yang ada dibawah naungan Pondok Modern Babussalam,adalah TA Babussalam,MI An-Najihah,KMI Putra dan Putri Babussalam,disamping itu masih ada madrasah binaan di desa lain. Dengan membawahi beberapa lembaga maka Pondok Modern Babussalam tercatat sebagai Pondok Pesantren terbesar di Kabupaten Madiun. Pendidikan dan Pengajaran di Kulliyatul Mu’allimin Al-Islamiyah Pondok Modern Babussalam dikelola oleh guru-guru alumni Pondok Modern Gontor dan sebagian alumni Pondok Modern Babussalam. Serta sarjana-sarjana dari perguruan tinggi lainnya. Kurikulum KMI Babussalam ini di ambil sepenuhnya dari KMI Gontor. Dengan membekali para santri ilmu-ilmu Modern dan ilmu-ilmu klasik dan modern sehingga mendapat pengetahuan yang baru dan dapat meningkatkan aqidah islamiyah para santri,dan dengan mengadakan kegiatan extrakulikuler misalnya Pramuka,Latihan Pidato,Drum Band,Kursus Komputer,dan juga keorganisasian dapat disalurkan melalui organisasi santri ini dan dalam menjalankan kegiatan keorganisasian ini, bimbingan dan pengarahan selalu diberikan oleh Pimpinan Pondok dan Para Dewan Guru Pondok Modern Babussalam,dan kelas enam merupakan kelas akhir di KMI Pondok Modern Babussalam maka menjelang pulang mereka diberi bimbingan berupa Praktek mengajar, pembekalan dan pengembangan pada mereka sebagai utusan Pondok Modern Babussalam mencetak santrinya seperti induknya yakni Pondok Modern Gontor dan mampu mengantar anak-anak bangsa untuk menjadi Pengurus umat dalam menegakkan keadilan menyiarkan agama islam di atas bumi tercinta ini.